El recorregut s’inicia amb un fragment de làpida paleocristiana del segle IV, trobada a Empúries, mostra austera de l’art dels primers segles del cristianisme. Donen la benvinguda al visitant el remarcable conjunt litúrgic de Sant Pere de Roda, els cristos en majestat de Sant Miquel de Cruïlles i de Sant Joan les Fonts i un fragment de pintures al fresc del Mestre d’Osormort. En el transcurs de les sales també es dóna lloc a l’expressió decorativa i arquitectònica amb una destacable col·lecció de capitells de procedència diversa i iconografia variada. Destaca el fons de talles de fusta policromada amb representacions marianes i de sants, com també la Biga de Cruïlles, exemple quasi únic d’un baldaquí del segle xii, que ha conservat en la totalitat la seva policromia. El recorregut per l’època romànica conclou amb les pintures al fresc de l’absis de Sant Esteve de Pedrinyà. El visitant hi trobarà un dels símbols de la Girona actual: la vertadera Lleona del segle XII.