A les sales 5 i 6 podem veure les peces escultòriques obra del mestre Bartomeu, que marquen el moment de transició del romànic al gòtic. En són clars exemples el conjunt format pel Calvari del segle XIII, procedent de la catedral de Girona, o el timpà de l’hospital de clergues de Girona, restaurats recentment . Al segle XIV també hi ha lloc per l’escultura més delicada i amb influència clara del gòtic internacional, com és l’obra del mestre Aloi o de Jaume Cascalls. Unes de les peces més rellevants, ubicades a la sala 7, són les taules de vitraller que van servir per realitzar els vitralls de la zona de l’absis de la catedral de Girona, ja que constitueixen una de les úniques mostres materials que es conserven a Europa de la tècnica de confecció d’un vitrall.

El majestuós Saló del Tron, a la sala 8, reuneix un dels conjunts retaulístics del segle XV més destacable, com el de Sant Miquel de Cruïlles de Lluís Borrassà, el de la Mare de Déu de la Llet de Sant Esteve de Canapost, el de Sant Miquel de Castelló d’Empúries i el retaule de Sant Pere de Púbol. Tots ells obra de pintors que van treballar en terres gironines al voltant dels segles XIV i XV.