L’ancienne pharmacie de l'hôpital de Santa Caterina est considérée comme l'un des ensembles pharmaceutiques les mieux conservés in situ du XVIII^e siècle. La salle possède un plafond à voûte d'arêtes ornée de peintures allégoriques du XIX^e siècle, qui recouvrent d'autres peintures baroques, représentant des allégories de la pharmacie galénique.

Intégré dans l'ensemble des étagères, un meuble se distingue : il s'agit d'une armoire à pharmacie appelé cordalier, qui contenait les médicaments les plus prisés. La pharmacie conserve une collection de plus de 300 récipients en céramique blanche vitrée appartenant aux XVII^e et XVIII^e siècles, en plus de divers mortiers, flacons soufflés et récipients en bois, entre autres. Cet ensemble de récipients en céramique est l'un des plus importants d'Europe en nombre, ainsi que par la période recouverte. La remarquable bibliothèque de cette pharmacie contient en outre de nombreuses publications et traités concernant la médecine pratiquée du XIII^e au XX^e siècle.