Sant Joan d'Isil està allunyada del poble, com passa sovint a les valls d'Àneu amb les esglésies romàniques. És un edifici del segle XII que sembla respondre a diferents projectes d'obres i reformes. Actualment hi podem veure una construcció de planta basilical, de tres naus capçades a llevant per tres absis d'estil llombard. Aquesta capçalera està construïda sobre la llera de la Noguera Pallaresa.

El mur meridional té una abundant decoració escultòrica. S'hi troba la portada amb tres arquivoltes de mig punt que, a banda i banda, presenten columnes amb capitells esculpits. Són remarcables també, sota el ràfec de la coberta, els relleus esculpits per sobre les arcuacions escacades. El ràfec queda interromput per la col·locació, en un moment indeterminat, de dues esteles esculpides semblants a les de Sant Lliser d'Alós d'Isil.

Per accedir al cementiri i a la mateixa església s'ha de passar per un portal que manté les marques que cada any hi fan la nit de Sant Joan amb les falles enceses.