La antigua farmacia del Hospital de Santa Caterina se considera uno de los conjuntos farmacéuticos conservados in situ más notables del siglo XVIII. La habitación está cubierta por una bóveda de arista decorada con pinturas alegóricas del siglo XIX, que cubren unas pinturas más antiguas de época barroca con alegorías galénicas.

Del mobiliario conservado destaca el cordialer, el armario donde se guardaban los medicamentos más preciados, incorporado al conjunto de estanterías. La farmacia conserva una colección de más de 300 tarros de cerámica blanca vitrificada datados de los siglos XVII y XVIII, además de diversos morteros, frascos de vidrio soplado y recipientes de madera, entre otros. Este conjunto de tarros de cerámica es uno de los más importantes de Europa por su cronología y la cantidad de recipientes que la forman. Otra de las joyas de esta farmacia es la biblioteca, que recoge diversas publicaciones y tratados relacionados con la medicina que van desde el siglo XIII hasta el XX.