A la part nord del recinte es va construir l’església parroquial de Sant Pere. De la construcció original de principis del segle VI només en resta en peus l’absis de planta trilobulada, que, com l’absis de la catedral de Santa Maria, va ser reaprofitat com a capçalera de la construcció romànica del segle XII. Es tractava d’un edifici de tres naus i una capçalera de planta trilobada.
En una etapa posterior (segles VII-VIII), el presbiteri es va pavimentar de nou amb un mosaic i, al lòbul central, s’hi va construir el retaule mural de Sant Pere.
La part inferior és rectangular i acull la representació del Pas del Mar Roig. La part superior, de forma semicircular, presenta una decoració en primer pla d’àngels i querubins, i cinc fornícules amb sant Pere, sant Pau i el Tetramorf, dels símbols del 4 evangelistes.