A partir de mitjans del segle IV es produí una profunda transformació de l’espai romà en cristià, amb la construcció d’una primera basílica de planta rectangular, amb una capçalera de planta quadrada a l’exterior i semicircular a l’interior, i capelles funeràries laterals. Durant la primera meitat del segle V, es va pavimentar aquesta església amb un mosaic de motius geomètrics i es va construir una piscina baptismal de planta quadrangular.
La designació de la Seu episcopal d’Ègara al voltant de l’any 450 va comportar la construcció del gran complex arquitectònic, amb la catedral de tres naus de Santa Maria i el baptisteri als peus, l’edifici funerari de Sant Miquel i la parròquia de Sant Pere. Amb la construcció d’aquest gran complex edilici la primera basílica cristiana va ser destruïda.