El conjunt va experimentar una revifalla artística en el segle XII, que es va traduir en la construcció de les naus romàniques de Santa Maria i Sant Pere, afegides als absis dels edificis episcopals. El 2 de gener del 1112 el bisbe de Barcelona, Ramon Guillem, va consagrar solemnement la nova església de Santa Maria, i un any i mig més tard, es redactà el document fundacional del monestir prioral segons el qual el bisbe de Barcelona donava l’església a l’abadia provençal de Sant Ruf d’Avinyó. La construcció de la nau de Santa Maria i l’arribada de la comunitat augustiniana marca l’inici d’una etapa de renovació espiritual i artística, que es perllongarà fins a l’abandonament del priorat el 1596.