המוזיאון מתפרס על מספר חוות של מה שהייתה קריית העיר. ב-1435, הקהילה היהודית הקימה את בית הכנסת האחרון מימי הביניים, שפעל עד 1492. לאחר טבילתם או גירושם של היהודים האחרונים מג'ירונה, הבניין נותר בבעלות פרטית עד סוף שנות ה-80 של המאה ה-20. אז התחיל השיקום כדי להפוך את המקום לגרעין שחזור המורשת היהודית של העיר. ב-2014 מתגלה יסוד חשוב: המקווה "של הנשים" השומר על המבנה המקורי למרות שמאוחר יותר הוא הפך לבור מים.