Sales d’història. Fotografia d'Arqueoxarxa, Josep Casanova.
La sala d’història presenta els objectes ibèrics de la comarca, en especial els del poblat del Mas Castell de Porqueres, on hi podem veure els primers vasos ceràmics a torn, armes i eines de ferro i també monedes de bronze, que són les grans innovacions en la cultura material de les tribus ibèriques. Al Pla de l’Estany es tracta de la tribu dels indiketes com a l’Empordà.
Segurament però, el jaciment històric més important que conserva el museu és la vil·la romana i visigoda de Vilauba (Camós). Aquesta vil·la va ser descoberta l’any 1932, però les excavacions sistemàtiques, coordinades pel museu, van començar l’any 1978 i s'allarguen fins avui dia. A Vilauba es pot estudiar com eren les vil·les romanes de l’època altimperial (segles I-III dC), de l‘etapa baiximperial (IV-V dC) i del període visigòtic (VI-VII dC), quan la vil·la es transforma ja en un vicus o poble altmedieval. Aquesta etapa baiximperial i visigoda també és present al Mas Castell de Porqueres, on es coneix una necròpolis i diversos temples d’aquest moment.
L’època medieval de la comarca està present al museu sobretot a través de les col·leccions del castell d’Espasens (Fontcoberta) dels segles XIV-XV, i també per les troballes, en especial les necròpolis, del barri vell de Banyoles. La mateixa Pia Almoina, l’edifici principal del museu, ha proporcionat nombrosos vasos ceràmics dels segles XIV-XVI (subsòl pati gòtic interior) i del XVII-XIX (pou gòtic del pati interior).
