L’église paroissiale de Sant Pere a été construite dans la partie nord de l’enceinte. De la construction d’origine du début du VIe siècle, il ne reste que l’abside trilobée qui, comme l’abside de la cathédrale de Santa Maria, a été réutilisée comme chevet de la construction romane du XIIe siècle. Il s’agissait d’un bâtiment à trois nefs avec un chevet trilobé.
Plus tard (VIIe-VIIIe siècles), le presbytère est repavé d’une mosaïque et le retable mural de saint Pierre est édifié dans le lobe central.
La partie inférieure est rectangulaire et abrite la représentation du Passage de la mer Rouge. La partie supérieure, de forme semi-circulaire, présente un décor au premier plan d’anges et de chérubins, et cinq niches avec saint Pierre, saint Paul et le Tétramorphe, symboles des 4 évangélistes.