Les premiers établissements humains dans la vallée se produisirent à la préhistoire. Plus tard, elle fut occupée par des tribus d’envahisseurs puis se consolida au IXe siècle avec la fondation du monastère de Santa Maria par le comte Guifré el Pelós lors du processus de repeuplement du territoire, quand fut créé l’embryon ce qui deviendrait ensuite la cité de Ripoll autour de ce monument.
Confié à une communauté religieuse de l’ordre de saint Benoît, le monastère subit différentes modifications structurelles entre le IXe et le XIe siècle. C’est justement au cours de ce dernier siècle, à l’époque de l’abbé Oliba, qu’il parvint à son aménagement actuel. Le portail fut construit au XIIe siècle, représentation de l’iconographie bibliographie gravée dans la pierre.
Les dépendances monastiques formaient un ensemble d’édifices séparés du reste de la population par une muraille. Et l’abbé était le seigneur féodal d’une grande partie des territoires et de la société de Ripoll, dont il contrôlait les aspects politiques, économiques, judiciaires, urbanistiques… La construction d’un canal sous la régence de l’abbé Arnulf ou l’autorisation de construire un hôpital au XVIe siècle en sont de bons exemples.
Il n’est donc pas surprenant que, dès le XIIIe siècle, les habitants de Ripoll aient tenté de se défaire, sans succès, de l’oppression féodale. Au XIVe siècle, le monastère créa la communauté de prêtres de l’église de Sant Pere qui, avec le temps, devint le symbole de l’opposition de la cité au pouvoir de l’abbé. Différents désaccords se produisirent également entre les deux institutions pour la suprématie religieuse – Sant Pere était la paroisse de Ripoll – et entre l’abbaye et les habitants des terres qu’elle possédait dans toute la Catalogne.
Tous ces facteurs aggravèrent la décadence que connaissait déjà le monastère et dont le point final fut la défaite survenue à la première moitié du XIXe siècle : la cité obtint son indépendance en 1812 et, dans le cadre de la Première Guerre carliste (1833–1840), le ministre Mendizábal promut la sécularisation des biens monastiques et des moines.
Avec l’occupation de Ripoll par les troupes carlistes en mai 1839, de nombreuses maisons furent détruites. À la fin du conflit, elles furent reconstruites avec des matériaux des édifices abandonnés de l’ensemble monastique, qui servirent de carrière improvisée.
À la deuxième moitié du XIXe siècle, il y eut une succession de travaux de consolidation de l’église et de périodes où sa dégradation s’accéléra. Ce ne fut qu’en 1886 que la restauration de la basilique et du cloître commença, d’après le projet de l’architecte Elies Rogent et sous les auspices de l’évêque de Vic, Josep Morgades. Même s’ils se prolongèrent jusqu’au début du XXe siècle les travaux s’achevèrent officiellement en 1893.