En 1907, en plein essor du Noucentisme, mouvement qui encourageait la recherche du passé classique de Catalogne, la Réunion des musées de Catalogne et la Réunion des musées de Barcelone décidèrent d’entamer un chantier archéologique à Empúries. Conduite par Josep Puig i Cadafalch, architecte, historien et homme politique, cette entreprise visait à accomplir des travaux archéologiques planifiés. Elle tenait aussi à se démarquer de la vieille pratique consistant à acheter aux propriétaires des champs d’Empúries les objets archéologiques qu’ils découvraient. Depuis 1908, année où débutent les fouilles systématiques, Empúries a donc un long parcours archéologique qui en fait une véritable référence dans l’archéologie péninsulaire et méditerranéenne. Par ailleurs, l’histoire centenaire de ses fouilles fait d’Empúries un bon exemple de l’évolution des techniques et des procédés utilisés pour les fouilles archéologiques en Catalogne.
Des premiers chantiers archéologiques, dont témoignent de romantiques photographies en noir et blanc, à nos jours, les découvertes faites à Empúries n’ont fait que confirmer l’importance et la singularité de l’histoire du lieu. Les découvertes archéologiques les plus significatives faites à Empúries sont exposées au musée, où l’on peut admirer et comprendre une séquence panoramique de plus de mille ans d’histoire.