Vue aérienne de l’église chrétienne Santa Magdalena.
À partir du IVe siècle ap. J.-C., les vieilles agglomérations d’Empúries subissent un processus de redéfinition et d’adaptation à la nouvelle organisation politique et religieuse. Ce processus va entraîner la fin du monde païen et la consolidation du christianisme, nouveau pouvoir ordonnateur. Si cette évolution a été partout importante, à Empúries elle fut radicale. Elle s’est en effet traduite par l’abandon des centres urbains qui formaient la ville. Ce ne fut cependant pas la fin d’Empúries. Ses habitants s’adaptèrent au nouveau système de commune, dont les organes de représentation furent concentrés sur l’ancienne agglomération de Sant Martí d’Empúries. Cette agglomération contrôlait le port fluvial et était complétée par de petites agglomérations rurales des environs proches, comme Santa Margarida, Santa Magdalena et Sant Vicenç (dont chacune avait sa propre église et son propre cimetière). Parmi ces petites églises médiévales, certaines ont été érigées sur des vestiges de constructions précédentes d’époque romaine tardive qui coïncident, du point de vue chronologique, avec de nouvelles nécropoles, comme celle qui a été découverte dans le secteur nord de la ville grecque d’Empúries. La nécropole découverte dans le secteur sud de la ville d’Emporion (entre l’agora et le port) avait près de 500 tombes et une petite chapelle (cella memoriae) construite sur d’anciens thermes.
