Le second étage du musée, au sein de la pharmacie Balvey, présente diverses expositions temporaires dans le domaine des médicaments et de la santé, organisées par le MATBC et le réseau des musées de pharmacie de Catalogne.
Ci-dessous quelques expositions réalisées : « Aqua fontis salutaris. Eau, hygiène et santé » (2015), « Tout dépend de la dose. Instruments et dispositifs pour administrer les médicaments » (2014), « Céramique pharmaceutique » (2013) et « Mortiers en bronze, catalans et castillans du XIIe au XXe siècles » (2013).