La salle d'histoire présente les objets ibères de la région, en particulier ceux du Mas Castell de Porqueres : les premiers vases en céramique tournée, des armes et outils en fer, ainsi que des pièces de monnaie en bronze, qui constituent les grandes innovations de la culture matérielle des tribus ibères. Les régions du Pla de l'Estany et de l'Empordà étaient peuplées d'Indigetes.
Cependant, le gisement historique le plus important abrité par le musée est sans doute la villa romaine et wisigothe de Vilauba (à Camós). Cette villa fut découverte en 1932, mais les fouilles systématiques coordonnées par le musée débutèrent en 1978 et se sont prolongées jusqu'à aujourd'hui. Le site de Vilauba permet d'étudier les villas romaines de l'époque du Haut Empire (Ier-IIIe siècles apr. J.-C.), du l'étape du Bas Empire (IVe-Ve siècles apr. J.-C.) et de la période du Royaume Wisigoth (VIe-VIIe siècles apr. J.-C.), lorsque la villa se transforma en vicus, petite agglomération du Haut Moyen Âge. Les étapes du Bas Empire et du Royaume Wisigoth sont également présentes au Mas Castell de Porqueres, où une nécropole et plusieurs temples de ces époques sont connus.
La période médiévale est présente à travers les collections du château d'Espasens (Fontcoberta), datant des XIVe et XVe siècles, et grâce aux découvertes, en particulier les nécropoles, du quartier ancien de Banyoles. La Pia Almoina elle-même, bâtiment principal du musée, a procuré de nombreux récipients en céramique des XIVe-XVIe siècle (sous-sol de la cour intérieure gothique) et des XVIIe-XIXe siècles (puits gothique de la cour intérieure).