Dans cette section, les cinq lignes de recherche du centre sont présentées en détail, ainsi que l'application de la méthode scientifique et la génération de nouvelles connaissances.
Les cinq lignes de recherche sont les suivantes : le mésozoïque, qui analyse la faune et la flore datant de 250 à 65 millions d'années, l'ère des dinosaures ; le néogène et le quaternaire, où est étudié la faune datant de 23 millions d’années àt 10 000 ans ; la paléobiologie, qui s'intéresse à la biologie des mammifères disparus et leur environnement écologique ; la paléoprimatologie, qui se penche sur l'origine et l'évolution des Primates, et la paléontologie virtuelle, qui étudie le potentiel des nouvelles technologies dans l'étude des fossiles et qui collaborent avec les lignes précédemment citées.
Les chercheurs analysent les problèmes scientifiques et tentent de les résoudre avec une méthode qui peut se résumer en quatre phases : la première est l'observation de la pièce objet de l'étude ; la deuxième est la formulation d'une hypothèse de travail, qui sera par la suite validée ou mise au rebut ; la troisième est la vérification de l'hypothèse au moyen de la comparation avec d'autres matières fossiles et actuelles, la consultation de bibliographie, l'utilisation d'outils de paléontologie virtuelle, etc. ; et la quatrième et dernière est l'interprétation des résultats obtenus pour valider ou rejeter l'hypothèse de départ. Si l'hypothèse est erronée, il faut la reformuler.