Depuis l’écluse de Vilanova de la Muga jusqu’à la Farinera, le Canal du Moulin parcourt environ 5 km. Tout au long de ce parcours, le canal borde des potagers, des champs et des pacages dans un paysage changeant et surprenant, qui devient exceptionnel lorsque le canal longe Castelló d’Empúries et emprunte l’ancienne fosse de la muraille médiévale, afin de mener l’eau jusqu’à bassin de la Farinera.
L’eau du canal du Moulin est utilisée pour irriguer les champs et les potagers qu’il borde. Ceci est fait avec des boixes, de petites constructions munies de vannes.
En arrivant à la Farinera, la chute d’eau existante permet à la turbine de produire l’énergie mécanique suffisante, afin de faire fonctionner l’usine entière.
En sortant de la Farinera, l’eau est pompée et acheminée vers une station d’épuration la rendant propre à la consommation humaine.
Dans le passé, les eaux du canal du Moulin alimentaient aussi un abreuvoir, l’abattoir municipal et le lavoir public.
Enfin, les eaux du canal sont acheminées vers les étangs de Vilaüt, intégrant la Réserve Intégrale I du Parc Naturel des Aiguamolls de l’Empordà.