El ábside del edificio se cimenta sobre una cripta trilobulada con un altar en el lóbulo central, con tres ventanas de derrame simple y también pavimentada con opus signinum. Está dedicada a Sant Celoni, muerto como mártir hacia el año 300.
Se accede a la cripta desde el ángulo noreste del interior de la edificación, a través de unas escaleras y un largo pasillo que sobrepasa el acceso a la cripta.