El Museo del Ter es también un museo de ciencias naturales. En este ámbito, situado en la segunda planta de Can Sanglas, se ofrece la oportunidad de realizar un recorrido por los paisajes, la hidrología, la ecología, el patrimonio natural, los aspectos sociales y ambientales, y las propuestas de gestión sostenible de los cursos fluviales mediterráneos, entre ellos también el Ter. El elemento principal de esta exposición es un acuario que representa los valores ecológicos del Ter medio. Decorado con fotografías subacuáticas de paisajes y especies autóctonas del noreste de Cataluña, acoge tres especies de peces propias del Ter medio: el barbo de montaña, el leucisco cabezudo y la anguila. Actualmente, algunas de estas han desaparecido de las aguas del Ter río arriba, como la anguila, que no puede llevar a cabo sus espectaculares migraciones entre el mar, donde se reproduce, y el río, debido a los embalses.
La biodiversidad es la protagonista de un audiovisual que da a conocer el gran mosaico natural de nuestros ríos. Elaborado a partir de la actividad investigadora del Centro de Estudios de los Ríos Mediterráneos (el área ambiental del Museo del Ter), trata sobre la vegetación de ribera, los pájaros, los macroinvertebrados acuáticos y los peces.