La sección «Arqueología del mundo antiguo» tiene su origen en el denominado Museo Bíblico, creado en 1911, obra gigantesca y admirable del P. Bonaventura Ubach (Barcelona, 1879 - Montserrat, 1960), que residió largas temporadas en Jerusalén y Beirut a partir de 1906. Desde estas ciudades emprendió grandes viajes de exploración en busca de datos para estudiar la Biblia a partir del medio cultural en que fue escrita.
A finales del siglo XX, la colección se enriqueció con nuevas aportaciones de piezas significativas, gracias a la donación del arquitecto Xavier Busquets (1990) y, más tarde, de la Fundación Caja Madrid (2003).
Actualmente incluye piezas de Mesopotamia, Egipto, Chipre, Italia y mundo helénico, Bajo Imperio y cultura paleocristiana. Los materiales arqueológicos del mundo antiguo están colocados en un ámbito arquitectónicamente muy distinto del resto del museo, cubierto con bóveda catalana o bóveda de horno. Las tonalidades recuerdan la arena de los inmensos desiertos de Egipto y del Próximo Oriente. Las distintas culturas que forman de manera permanente esta sección son fácilmente identificables y siguen un discurso más o menos cronológico.