Este órgano es una de las piezas más emblemáticas del Museo. Lo fabricó Manuel Pérez Molero en 1719, en Segovia, y en 1739 lo instalaron en el convento de las monjas clarisas de Santa María de Jesús, en Ávila, de donde procede. Es un aerófono con diferentes juegos de tubos que suenan cuando pasa el aire a través de ellos. Tiene un teclado con cuarenta y cinco teclas y trece registros, y tres grandes fuelles exteriores. Ha sido restaurado para uso musical.