El museo ocupa varias fincas de lo que había sido la judería de la ciudad. En 1435, la comunidad judía edificó aquí la última sinagoga medieval que funcionó hasta 1492. Tras el bautismo o la expulsión de los últimos judíos y judías de Girona, los edificios permanecieron como propiedad privada hasta la década de los 80 del siglo XX. Entonces se inicia su rehabilitación para convertir el lugar en el núcleo de la recuperación del legado judío de la ciudad. En 2014 se identifica un elemento importante: los baños "de las mujeres" o micvé, que conserva su estructura original aunque fue transformado posteriormente en una cisterna.