En las salas 5 y 6 podemos ver las piezas escultóricas obra del maestro Bartomeu, que marcan el momento de transición del románico al gótico. Son claros ejemplos el conjunto formado por el Calvario del siglo XIII, procedente de la catedral de Girona, o el tímpano del hospital de clérigos de Girona, restaurados recientemente. En el siglo XIV también hay lugar para la escultura más delicada y con influencia clara del gótico internacional, como es la obra del maestro Aloi o de Jaume Cascalls. Unas de las piezas más relevantes, ubicadas en la sala 7, son las mesas de vidriero que sirvieron para realizar los vitrales de la zona del ábside de la catedral de Girona, ya que constituyen una de las únicas muestras materiales que se conservan en Europa de la técnica de confección de un vitral.
El majestuoso Salón del Tron, en la sala 8, reúne uno de los conjuntos retablísticos del siglo XV más destacable, como el de Sant Miquel de Cruïlles de Lluís Borrassà, el de la Mare de Déu de la Llet de Sant Esteve de Canapost, el de Sant Miquel de Castelló d’Empúries y el retablo de Sant Pere de Púbol. Todos son obra de pintores que trabajaron en tierras gerundenses alrededor de los siglos XIV y XV.