Los romanos llegaron a Empúries en el año 218 a. C., durante la Segunda Guerra Púnica, que los enfrentó al legendario Aníbal, líder de las tropas militares cartaginesas. En pleno contexto bélico, y alertados por los griegos, los romanos desembarcaron sus legiones en el puerto de la ciudad griega de Emporion para iniciar un periplo peninsular que les permitiría derrotar a la retaguardia del ejército cartaginés. Este episodio, que convertiría a Empúries en la puerta de entrada de los romanos a la Península, fue también el inicio de la conquista y romanización del territorio peninsular, conocido como Hispania.
En el año 195 a. C., los romanos tuvieron que volver a Empúries e instalar allí un campamento militar para sofocar las constantes revueltas de los indigetes, en contra de la ocupación romana. Una vez pacificado el territorio, las tierras fueron cedidas a los soldados veteranos de Julio César, quienes fundaron el municipio romano de Emporiae. Este, que tuvo su período de esplendor en época imperial y que se anexionó la antigua ciudad griega de Emporion, fue abandonado en el siglo III d. C. En la actualidad, la ciudad se encuentra parcialmente excavada (cerca del 20 % de su superficie total), y es posible visitar espacios como el foro (centro institucional), las termas romanas, algunas domus (casas acomodadas) y el anfiteatro.