En la segunda planta del museo, en el marco de la Farmacia Balvey, se exhiben distintas exposiciones temporales en torno al mundo de los remedios y la salud, organizadas por el MATBC y la Red de Museos de Farmacia de Cataluña.
Algunas de las exposiciones llevadas a cabo son las siguientes: «Aqua fontis salutaris. Agua, higiene y salud» (2015), «…todo depende de la dosis. Útiles y aparatos para la administración de los medicamentos» (2014), «Cerámica farmacéutica» (2013) y «Morteros de bronce catalanes y castellanos del siglo XII al XX» (2013).