El actual baptisterio de la basílica se sitúa en el espacio anexo a la rectoría. Inaugurado en abril de 1963, fue fruto de la colaboración entre el arquitecto Lluís Bonet i Garí y el artista mataronino Jordi Arenas i Clavell. Se trata de un conjunto armónico y luminoso que mantiene el realismo clásico en consonancia con los aires de renovación del Concilio Vaticano II.
El recinto bautismal cuenta con dos ámbitos a diferente nivel. Por una parte, la estancia de antesala está totalmente decorada con pinturas al fresco. En la bóveda, cuatro temas del Antiguo Testamento: Jonás y la ballena, Noé y el diluvio, el sacrificio de Isaac y Moisés con las tablas la ley. En la pared principal, el Génesis, el pecado y la superación. Y en el paramento interno, la visita de María y José al templo con el anciano Simeón y la profetisa Ana.
En la segunda sala podemos ver la pila bautismal, de granito pulido, en el centro de un espacio circular hundido, cuyo suelo está embellecido con mosaico figurando el río Jordán con agua y peces. En el techo, símbolos alegóricos del cristianismo: flores, trigo, olivo y uva. Un gran vitral emplomado, por donde entra la luz natural, preside el recinto con la imagen de Cristo resucitado.