Salas de historia. Fotografía de Arqueoxarxa, Josep Casanova.
La sala de historia presenta los objetos ibéricos de la comarca, en especial los del poblado del Mas Castell de Porqueres, donde podemos ver los primeros vasos cerámicos a torno, armas y herramientas de hierro y también monedas de bronce, que son las grandes innovaciones en la cultura material de las tribus ibéricas. En el Pla de l’Estany se trata de la tribu de lo indiketas igual como en el Empordà.
Seguramente, no obstante, el yacimiento histórico más importante que conserva el museo es la villa romana y visigoda de Vilauba (Camós). Esta villa fue descubierta en el año 1932, pero las excavaciones sistemáticas, coordinadas por el museo, empezaron en el año 1978 y se alargan hasta la actualidad. En Vilauba se puede estudiar cómo eran las villas romanas de la época alto imperial (siglos I-III d. C.), de la etapa bajo imperial (IV-V d. C.) y del periodo visigótico (VI-VII d. C.), cuando la villa se transforma ya en un vicus o pueblo alto medieval. Esta etapa bajoimperial y visigoda también es presente en el Mas Castell de Porqueres, donde se conoce una necrópolis y diversos templos de ese momento.
La época medieval de la comarca está presente en el museo sobre todo a través de las colecciones del castillo de Espasens (Fontcoberta) de los siglos XIV-XV, y también por los hallazgos, en especial las necrópolis, del barrio viejo de Banyoles. La misma Pia Almoina, el edificio principal del museo, ha proporcionado numerosos vasos cerámicos de los siglos XIV-XVI (subsuelo patio gótico interior) y del XVII-XIX (pozo gótico del patio interior).
