En este ámbito se explican las cinco líneas de investigación del centro y también cómo se aplica el método científico y se genera nuevo conocimiento.
Las cinco líneas de investigación son las siguientes: el Mesozoico, que estudia la fauna y la flora de hace entre unos 250 y 65 millones de años, la era de los dinosaurios; el Neógeno y Cuaternario, que estudia la fauna de hace entre 23 millones de años y 10 000 años; la paleobiología, que estudia la biología de los mamíferos extinguidos y su entorno ecológico; la paleoprimatología, que investiga el origen y la evolución de los primates, y la paleontología virtual, que investiga el potencial de las nuevas tecnologías para estudiar los fósiles y que colabora con las anteriores.
Los investigadores se plantean problemas científicos y los intentan resolver mediante el uso de un método que se puede resumir en cuatro fases: la primera es la observación de la pieza de estudio; la segunda es la formulación de una hipótesis de trabajo, que más adelante se validará o se descartará; la tercera es la comprobación de la hipótesis planteada, mediante la comparación con otro material fósil y actual, la consulta de bibliografía, el uso de herramientas de la paleontología virtual, etc., y la última es la interpretación de los resultados obtenidos para validar o descartar la hipótesis inicial. Si la hipótesis es errónea, es necesario reformularla.