Desde la presa de Vilanova de la Muga hasta la Farinera, el Rec del Molí recorre unos 5 km. A lo largo de este recorrido, el canal bordea huertos, campos y pastizales en un paisaje cambiante y sorprendente que se convierte en excepcional cuando bordea Castelló d’Empúries y utiliza el antiguo foso de la muralla medieval para conducir el agua hasta la balsa de la Farinera.
El agua del Rec del Molí se utiliza para regar los campos y los huertos que bordea. Esto es posible mediante boixes, pequeñas construcciones dotadas de compuertas.
Al llegar a la Farinera, el salto de agua existente permite que la turbina genere la energía mecánica suficiente para hacer funcionar toda la fábrica.
Al salir de la Farinera, el agua es bombeada y conducida a una planta potabilizadora que la hace apta para el consumo humano.
En otros tiempos, las aguas del Rec del Molí también alimentaban un abrevadero, el matadero municipal y el lavadero público.
Finalmente, las aguas de la acequia son conducidas a los estanques de Vilaüt, en la Reserva Integral I del Parque Natural de los Aiguamolls de l’Empordà.