En el pajar, unas aberturas laterales situadas en el suelo permitían echar el alimento directamente dentro de los pesebres de los animales, en el establo.
Las severas condiciones invernales en el Valle de Arán obligaban, a consecuencia de las nieves, a tener el ganado estabulado durante un largo período del año.
Can Joanchiquet dispone de dos bordas. La de mayor tamaño se construyó probablemente durante el siglo XVIII, para adaptarse a la pendiente de la montaña. Se divide en tres niveles. El primero y más bajo era el destinado a alojar caballos y mulas. La recría de mulas y mulos fue una importante actividad económica para los Aunòs. Las crías de estos animales se compraban en Francia en primavera, se criaban y se vendían en las ferias de otoño catalanas y aragonesas.
En el nivel siguiente de la borda, siguiendo la pendiente del terreno, estaban las cabras y las ovejas. Las cabras eran el único ganado que no subía a la montaña en invierno. Así, la familia podía disponer de leche cuando las vacas estaban en la montaña. Sobre estos dos niveles encontramos los pajares, donde se almacenaba toda la paja necesaria para alimentar al ganado durante los largos días de invierno.
El segundo establo, de menor tamaño, estaba destinado a vacas y bueyes, y parece ser que fue construido a finales del siglo XIX.
