La colección egipcia del museo es la primera que se construyó en Cataluña, fruto de una donación del año 1886 de Eduard Toda i Güell, diplomático, escritor y estrecho colaborador de Víctor Balaguer en el movimiento de la Renaixença. Las diferentes piezas expuestas nos hablan del mundo funerario del antiguo Egipto. Algunas proceden de la tumba de Sennedjem en Deir el-Medinah (Tebas Oeste), en cuyo descubrimiento participó Eduard Toda, considerado el primer egiptólogo catalán, durante su periplo por Egipto como cónsul español.
Por su singularidad, de la colección destaca la pequeña momia de una criatura de cinco años, de la Baja Época y procedente de Tebas, llamada popularmente Nesi. Es una de las cinco únicas momias que se conservan actualmente en museos catalanes.
La biblioteca también recibió una importante donación de libros, fotografías y postales que Toda recogió en sus viajes por todo el mundo como diplomático.