Sant Miquel és l’edifici més singular del conjunt, tant per la seva arquitectura com per la seva funcionalitat funerària. Es tracta d’una capella cementirial apta per l’enterrament i la litúrgia dels difunts. En origen, l’edifici estava dedicat a Sant Vicenç màrtir, i al segle XII va canviar la seva advocació per la de Sant Miquel.
A nivell arquitectònic, l’església presenta una planta centrada, quadrada a l’exterior i amb creu grega inscrita a l’interior. Al centre de l’edifici, vuit columnes amb sengles capitells reaprofitats d’edificacions anteriors sostenen una cúpula il·luminada per quatre finestres.
A l’exterior, l’edifici tenia un corredor que circumdava els costats nord, sud i oest, amb una porta al centre de cadascun dels costats que es correspondrien amb les del cos central.