L’absis de l’edifici es fonamenta sobre una cripta trilobulada amb un altar al lòbul central, amb tres finestres d’esqueixada simple i també pavimentada amb opus signinum. Està dedicada a sant Celoni, mort com màrtir cap a l’any 300.
S’accedeix a la cripta des de l’angle nord-est de l’interior de l’edificació, a través d’unes escales i un llarg corredor que sobrepassa l’accés a la cripta.