Des de la resclosa de Vilanova de la Muga fins a la Farinera, el Rec del Molí recorre uns 5 km. Al llarg d’aquest recorregut el rec voreja horts, camps i closes en una paisatge canviant i sorprenent que esdevé excepcional quan el rec voreja Castelló d’Empúries i usa l’antic fossar de la muralla medieval per conduir l’aigua fins la bassa de la Farinera.

L’aigua del rec del Molí és emprada per a regar els camps i els horts que el voregen. Això es fa a través de les boixes, petites construccions dotades de comportes.

En arribar a la Farinera, el salt d’aigua existent permet que la turbina generi l’energia mecànica suficient per fer funcionar tota la fàbrica.

En sortir de la Farinera, l’aigua és bombejada i conduïda a una planta potabilitzadora que la fa apte per al consum humà.

En altres temps, les aigües del rec del Molí també nodrien un abeurador, l’escorxador municipal, i el rentador públic.

Finalment, les aigües del rec són conduïdes als estanys de Vilaüt, inclosos en la Reserva Integral I del Parc Natural dels Aiguamolls de l’Empordà.