Pels volts del 600 aC, arribaren a la Península els primers vaixells grecs, en el marc d’una onada colonitzadora que buscava establir fundacions comercials i ports d’escala a les costes més occidentals del Mediterrani. La fundació de la ciutat d’Empòrion es relaciona amb els foceus, grecs procedents de la ciutat de Focea, a la costa jònia (l’actual Turquia), que anys abans havien fundat també la destacada ciutat de Massàlia (l’actual Marsella), des de la qual arribaren a Empúries.
Després de conviure amb els indigets en un petit illot, la Palaiapolis, i amb motiu de l’arribada de més ciutadans foceus que fugien de l’atac persa, els grecs fundaren en terra ferma la ciutat d’Empòrion (paraula que en grec volia dir ‘mercat’, la seva principal activitat). Aquesta ciutat, la fundació de la qual data pels volts de l’any 550 aC, fou habitada durant prop de 700 anys i fou testimoni de l’arribada dels romans, l’any 218 aC. Les excavacions de la ciutat d’Empòrion han deixat al descobert el seu període d’esplendor, al segle II aC. Actualment és possible visitar diferents espais, com l’àrea dels temples, l’àgora (plaça pública), les muralles i les antigues cases i botigues.