Els monestirs benedictins s’ordenen entorn d’un claustre que articula les dependències monàstiques.
L’aspecte del claustre actual del monestir de Sant Esteve és resultat de les reformes realitzades durant el segle XVIII, quan es va reconstruir totalment. Presenta quatre galeries porticades que abracen un pati en forma de quadrat perfecte, de 26,5 m de costat. Al podi del claustre s’alcen 48 arquets de mig punt, suportats per pilastres, i 32 columnetes amb els dos terços estriats. Els capitells presenten decoracions que representen flors i cares humanes, i en un cas, la cara d’un mico.
Es conserven escassos elements de l’antic claustre romànic, construït probablement durant el segle XII, un temps després de la consagració de l’església, l’any 1086. Cal destacar diversos capitells recuperats en l’entorn del monestir que presenten motius zoomòrfics, antropomorfs i geomètrics de gran interès històric i artístic. L’estudi d’aquests capitells proposa una cronologia entre el segle XI i el XII.
El monestir tenia un segon claustre que va funcionar des del segle XIV fins a finals del segle XIX. Actualment, només en resta visible la portalada exterior, amb decoració típica del barroc de l’any 1756.