La col·lecció d’arqueologia del museu compta amb una destacada mostra de les cultures megalítiques, amb peces procedents dels sepulcres de corredor de l’Albera, i de l’antiguitat amb peces iberes, gregues i romanes (la major part donacions del col·leccionista Frederic Marés) que pertanyen a un període d’intens intercanvi cultural i comercial entre pobles indígenes i colons.
Les obres d’art romànic, gòtic, renaixentista i barroc il·lustren l’evolució artística dels segles XI al XVI. Destaquen la columna esculpida en marbre del Mestre de Cabestany, dos capitells procedents de Sant Pere de Rodes i les marededéus de fusta policromada, com la Mare de Déu de la Llet. La pintura sobre taula, altres capitells o la làpida jueva il·lustren el treball dels tallers locals.
Cal fer una especial menció a les obres procedents de diversos dipòsits del Museu del Prado (1885, 1887, 1947) que arriben a Figueres amb finalitats pedagògiques i tenen com a destí l’Escola Municipal de Dibuix de l’Institut Ramon Muntaner de Figueres, on es van formar la majoria dels artistes locals. Sumades a l’incipient aplec d’obres per part de diferents prohoms de la ciutat i donacions d’artistes i professors, se’ls considera l’embrió i estímul per a la creació del museu d’art de la ciutat. Entre el conjunt de les obres del Prado destaquen els retrats de l’època de Lluís XIV, de la mà de Jean Nocret i Pierre Mignard, i les obres de temàtica religiosa de Ribera, Arias o Maella.