L’any 1907, en ple auge del Noucentisme, moviment que promogué una recerca del passat clàssic de Catalunya, la Junta de Museus de Barcelona va decidir iniciar els treballs arqueològics a Empúries. Liderada per l’arquitecte, historiador i polític Josep Puig i Cadafalch, aquesta empresa pretenia dur a terme un treball arqueològic planificat. També es volia desmarcar de la vella pràctica de comprar als propietaris dels camps emporitans els objectes arqueològics que aquests trobaven. Des que l’any 1908 van començar les excavacions sistemàtiques, Empúries té una llarga trajectòria arqueològica, que l’ha convertit en tot un referent en l’arqueologia peninsular i mediterrània. La centenària història de les excavacions, a més, converteix Empúries en un exemple idoni per seguir l’evolució de les tècniques i els procediments utilitzats en les excavacions arqueològiques a casa nostra.
Des dels primers treballs arqueològics, plasmats en romàntiques fotografies en blanc i negre, fins avui, les troballes arqueològiques que han tingut lloc a Empúries no han fet més que manifestar la importància i la singularitat de la seva història. Les troballes arqueològiques més significatives que s’han localitzat a Empúries s’exposen al museu, on és possible contemplar i comprendre una panoràmica de més de mil anys d’història.