מטרת מוזיאון ההיסטוריה של היהודים הינה לשמור ולהפיץ את ההיסטוריה של הקהילות היהודיות בקטלוניה, שלאורך כל ימי הביניים היוו חלק ותרמו באופן מכריע למסלול ההיסטוריה ולהתפתחות התרבותית והמדעית של המדינה. ההסברים על מסלול המוזיאון מוצגים בעזרת דוגמאות מין ההיסטוריה של ג'ירונה היהודית. אלה הן דוגמאות תיעודיות, ארכאולוגיות ואיקונוגרפיות המציעות הסבר כללי על דרכי החיים היהודים בקטלוניה של ימי הביניים.