Le Musée occupe plusieurs propriétés dans ce qui constituait le quartier juif de la ville. En 1435, la communauté juive y construisit la dernière synagogue médiévale, qui a fonctionné jusqu'en 1492. Après le baptême ou l'expulsion des derniers juifs de Gérone, les bâtiments vont demeurer en tant que propriété privée jusque les années 80 du XXè siècle. Puis ils furent restaurés pour devenir l'actuel centre de récupération de l'héritage juif de la ville. En 2014, un élément important est identifié: les bains « des femmes » ou mikvé. Bien qu'il ait été transformé en citerne suite à des réformes ultérieures, sa structure d'origine a été conservée.