Le principal objectif du Musée est de préserver et diffuser l'histoire des communautés juives de la Catalogne, qui tout au long du Moyen-âge ont fait partie et ont contribué de façon décisive au parcours historique et au développement culturel et scientifique du pays. Les explications du parcours muséologique sont illustrées par des exemples provenant de l'histoire de la Gérone juive. Ce sont des exemples documentaires, archéologiques et iconographiques qui offrent une explication générique des modes de vie juifs dans la Catalogne médiévale.