Sant Joan d’Isil est éloigné du village, comme il arrive souvent dans les vallées d’Àneu avec les églises romanes. C’est un bâtiment du XIIe siècle qui semble correspondre à plusieurs projets de travaux et de renouvellement. Actuellement on peut y observer une construction de plan basilical, de trois nefs avec un chevet à l’est, de trois absides en style lombard. Ce chevet est bâtit sur le lit de la Noguera Pallaresa.
Le mur méridional a une abondante décoration sculptée. On y trouve un portail avec trois archivoltes ayant à chaque côté des colonnes avec des chapiteaux sculptés. Les reliefs sculptés, entre la corniche et les archets décorés en carreaux d’échiquier, sont aussi remarquables. La corniche a été interrompue par l’emplacement, à un moment indéterminé, de deux stèles sculptées, semblables à celles de Sant Lliser d’Alós d’Isil.
Pour accéder au cimetière et à l’église même, il faut passer par un portail sur lequel se conservent les marques que l’on fait chaque année avec les falles (flambeaux) la nuit de la Saint Jean.