La collection égyptienne du musée est la première à avoir été constituée en Catalogne, grâce à un don réalisé en 1886 par Eduard Toda i Güell, diplomate, écrivain et étroit collaborateur de Víctor Balaguer dans le mouvement de la Renaissance catalane. Les différentes pièces exposées évoquent le monde funéraire de l'ancienne Égypte. Certaines proviennent de la tombe de Sennedjem à Deir el-Medinah (Thèbes Ouest), découverte à laquelle participa Eduard Toda, considéré comme le premier égyptologue catalan, au cours de son périple en Égypte en tant que consul espagnol.
La collection comprend une pièce exceptionnellee : la petite momie d'un enfant de cinq ans, de la Basse Époque et provenant de Thèbes, nommé populairement Nesi. Il s'agit de l'une des cinq momies conservées actuellement dans les musées catalans.
La bibliothèque a également reçu un important don de livres, de photographies et de cartes postales que Toda rassembla lors de ses voyages comme diplomate à travers le monde entier.