El Museo de la Noguera gestiona el patrimonio arqueológico de la ciudad de Balaguer a la vez que establece vínculos de investigación y difusión entre la institución y el territorio, para convertirse en una plataforma que ayude a entender el patrimonio y las raíces de la Noguera a partir de la convivencia de las tres culturas que definieron la historia de Al-Ándalus. El patrimonio andalusí y feudal de la comarca, y especialmente el de Balaguer, constituye uno de los más importantes de Cataluña, tanto por la cantidad como por la calidad de sus vestigios, y se ha convertido en un punto de referencia para entender la historia del Al-Ándalus en Cataluña.

En la actualidad, el Museo de la Noguera administra y organiza el patrimonio museístico de Balaguer y gestiona la coordinación de las actividades de la entidad en toda la comarca, así como del desarrollo de las tareas de investigación, documentación, conservación y restauración, además de la difusión y la pedagogía del patrimonio integral de la Noguera.