El principal objetivo del Museo de Historia de los Judíos es preservar y difundir la historia de las comunidades judías de Cataluña, que a lo largo de toda la Edad Media formaron parte y contribuyeron decisivamente a la trayectoria histórica y al desarrollo cultural y científico del país. Las explicaciones del recorrido museológico se ilustran con ejemplos procedentes de la historia de la Girona judía. Son ejemplos documentales, arqueológicos o iconográficos que ofrecen una explicación genérica de las formas de vida judía en la Cataluña medieval.